运输企业的证书：营业执照、组织机构代码证、税务登记证等。

证书办理流程：

1、申请从事道路运输经营及相关业务的企业或个人;

2、提出申请，填写申请书，提交行政许可申请材料清单;

3、提交材料;

4、申请材料审核、汇总，材料核准后发送《行政许可受理通知书》;

5、申请材料汇总、审批;

6、发放道路运输经营许可证。