1、原材料不同：苹果醋的原材料是苹果，而柠檬醋是用柠檬加工制作而成的。

2、所含营养成分不同：苹果醋含有果胶、维生素、矿物质及酵素等。柠檬醋中含有柠檬酸、苹果酸、葡萄酸等。

3、功效不同：苹果醋有较好的的有促进新陈代谢等功能，而柠檬酸可以促进消化、美容养颜等。

4、制作方法不同：苹果醋采用固态发酵和液态发酵两种方法，而柠檬醋大多晒制而成。