福建主要的港口有“厦门港”和“福州港”。

厦门港由东渡、海沧、翔安、招银、后石、石码、古雷、东山、云霄和诏安等10个港区组成。海域面积达275平方公里，主要担负厦门市和福建省内外贸运输任务，也承担江西省某些物资的中转任务。

福州港由闽江口内港区、江阴港区、松下港区、罗源湾港区、平潭港区组成，主要分布在兴化湾、福清湾、罗源湾。福州港为大陆沿海主枢纽港之一，沿海主要外贸口岸及闽台贸易重要港口。