鱼呼吸的氧气大部分都来自水中，空气中的很少。他们没呼吸一次就会把鳃张开，每一个鳃丝都可以吸收氧气，完全充分的水中的的氧气，然后把二氧化碳排出去。所以深海鱼也不担心会缺氧。

鱼在水中时，每个鳃片、鳃丝、鳃小片都完全张开，使鳃和水的接触 面积扩大，增加摄取水中所溶解的氧的机会。在鳃小片中有微血管，这里的表皮很薄，当血液流过这里时就完成了气体交换；将带来的二氧化碳透过鳃小片的薄壁，送到水中；同时，吸取水中的氧，氧随血液循环输送到身体各部分去。由于口部和鳃盖的交替开闭，可以使水不断地由口进入口腔