1996年4月，经江苏省教育委员会批准，在临床医学专业增设本科药学方向，学制四年，同年9月，筹建了原镇江医学院药学系，并招收了首届药学专业本科生;1998年该专业获原国家教育委员会正式批准。2001年8月经教育部批准，原江苏理工大学、镇江医学院、镇江师范专科学校合并组建江苏大学，同年11月，江苏大学批准成立药学院，成为我省综合性大学中第一个独立设置的药学院。