原因如下：

1、牛奶是一种胶体乳状液，它的蛋白质是以胶束形式存在的；

最里层是疏水的酪蛋白，最外层是这是亲水性的酪蛋白，它保证了牛乳蛋白在牛乳中形成乳状液；

因为木瓜中含有大量的木瓜蛋白酶，它会分解牛乳酪蛋白胶束表面的κ—酪蛋白；

当酪蛋白被分解后，露出里面不溶于水的酪蛋白，酪蛋白之间通过牛乳中存在的钙离子结合使得牛奶发生沉淀而凝固，这个过程有点类似在干酪生产中加入皱胃酶使蛋白沉淀凝结；

2、牛奶在加热过程中蛋白质变性而发生沉淀。