南京博物院与南京市博物馆的区别：

南京博物院前身是国立中央博物院筹备处，1933年成立。地址是南京市中山东路321号，为江苏省级博物馆。而南京市博物馆前身为南京市文物保管委员会，1978年成立南京市博物馆，地址是朝天宫4号，为南京市级博物馆；南京博物院是中国内地第二大博物馆、中国三大博物馆之一，中国最早创建的博物馆，是大型综合性的国家级博物馆、全国综合性历史艺术博物馆、国家重点博物馆。南京市博物馆所处的朝天宫是江南地区建筑等级最高，面积最大，保存最完整的古建筑群。最大的区别是南京博物院是省级的博物馆，而南京市博物馆是国家级博物馆。