蛋白质的空间结构是由非共价键维持的。非共价键又称副键，包括氢键、盐键、疏水键和范德瓦士力等，另外还可能有二硫键和金属蛋白的配位键。其中维持蛋白质二级结构的主要是氢键，维持蛋白质三级结构的主要是疏水键，维持蛋白质四级结构的有盐键。事实上各层次蛋白质分子空间结构的稳定，都有这些副键共同参与，以保证蛋白质空间结构的相对稳定和各种生理功能的正常发挥。